知っておくべきこと
- 一部の PDB ファイルはプログラム データベース ファイルです。
- テキスト エディタまたは Geneious などのプログラムでファイルを開きます。
- 特定のデータベース ファイルを開くのと同じプログラムを使用して、別の形式に変換します。
この記事では、PDB ファイルとは何か、PDB ファイルを開く方法、および PDB ファイルを別の形式に変換する方法について説明します。
PDBファイルの定義
PDB を含むファイル ファイル拡張子 ほとんどの場合、プログラムまたはモジュールに関するデバッグ情報を保持するために使用されるプログラム データベース ファイルです。 DLL または EXE ファイル。これらはシンボル ファイルと呼ばれることもあります。
このファイルは、ソース コード内のさまざまなコンポーネントとステートメントを最終的なコンパイル済み製品にマップします。デバッガーはこれを使用して、ソース ファイルと、デバッグ プロセスを停止する必要がある実行可能ファイル内の場所を見つけることができます。
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一部の PDB ファイルは、Protein Data Bank ファイル形式である場合があります。これらは無地です テキストファイル タンパク質の構造に関する座標を保存します。
他の PDB ファイルは、Palm Database または PalmDOC ファイル形式で作成され、PalmOS モバイルで使用される場合があります。 オペレーティング·システム ;この形式の一部のファイルでは、代わりに .PRC ファイル拡張子が使用されます。これと同じ拡張子を使用するさらに別の形式は、Tanida Demo Builder です。
PDB ファイルを開く方法
さまざまなプログラムが独自の PDB ファイルを使用して、ある種の構造化データベース形式でデータを保存するため、各アプリケーションは独自のタイプを開くために使用されます。
天才的 、 クイックン 、 ビジュアルスタジオ 、 そして ペガサス これらは、ファイルをデータベース ファイルとして使用する可能性のあるプログラムのほんの一例です。 レーダー そして PDBparse も機能するかもしれません。
Geneious のプログラム デバッグ データベース ファイルのように、一部の PDB ファイルはプレーン テキストとして保存されており、 テキストエディタ 。この種の PDB ファイルは、Windows に組み込まれているメモ帳プログラムなど、テキスト ドキュメントを読み取ることができる任意のプログラムで開くことができます。その他の互換性のあるビューアとエディタには次のようなものがあります。 メモ帳++ そして ブラケット 。
他の PDB ファイルはテキスト ドキュメントではないため、目的のプログラムで開いた場合にのみ役立ちます。たとえば、あなたのファイルが何らかの形で Quicken に関連している場合は、そのソフトウェアを使用して表示または編集してみてください。 Visual Studio は、PDB ファイルが DLL または EXE ファイルと同じフォルダーにあることを想定しています。
Windows、Linux、macOS で Protein Data Bank ファイルを表示および編集できます。 アボガドロ 。次のプログラムでもファイルを開くことができます。 ジモール 、 ラスモール 、 クイックPDB 、 そして USCFキメラ 。これらはプレーン テキストであるため、テキスト エディターで開くこともできます。
パームデスクトップ Palm Database ファイル形式であれば、このファイルを開くことができるはずですが、そのプログラムが認識できるように、最初にファイル名を変更して PRC ファイル拡張子を付ける必要がある場合があります。 口径 は別のオプションです。
PalmDOC PDB ファイルを開くには、次のようにしてください。 STDUビューア 。
タニダデモビルダー その形式でファイルを開きます。
PDB ファイルを変換する方法
プログラム データベース ファイルは、少なくとも、別のファイル形式に変換することはできません。 通常のファイルコンバータツール 。代わりに、この種のファイルを変換できるアプリケーションがあれば、それを開くことができるのと同じプログラムになります。
たとえば、Quicken からデータベース ファイルを変換する必要がある場合は、そのプログラムを使用して変換してみてください。ただし、このタイプの変換はおそらくほとんど役に立たないだけでなく、これらのデータベース アプリケーションではサポートされていません (つまり、この種の PDB ファイルを他の形式に変換する必要はおそらくありません)。
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Protein Data Bank ファイルは、次のコマンドを使用して他の形式に変換できます。 メッシュラボ 。これを行うには、まず次のコマンドを使用して WRL に変換する必要がある場合があります。 PyMOL から ファイル > 画像を保存します > VRML メニューをクリックし、WRL ファイルを MeshLab にインポートして、 ファイル > メッシュをエクスポートする メニューを使用して、最終的に PDB ファイルを STL または別のファイル形式に変換します。
モデルをカラーにする必要がない場合は、USCF Chimera を使用してファイルを STL に直接エクスポートできます (ダウンロード リンクは上にあります)。それ以外の場合は、上記と同じ方法 (MeshLab を使用) を使用して、USCF Chimera で PDB を WRL に変換し、MeshLab で WRL を STL にエクスポートできます。
PDB を変換するには PDF または EPUB PalmDOC ファイルがある場合は、さまざまな方法で実行できますが、最も簡単なのは、おそらく Zamzar のようなオンライン コンバータを使用することです。ファイルをその Web サイトにアップロードすると、それらの形式や AZW3、FB2、 モビ 、PML、PRC、TXT、およびその他の電子書籍ファイル形式。
FASTA 形式に変換するには、次のように実行できます。 Meiler Lab のオンライン PDB から FASTA へのコンバーター 。
を使用して、このファイルを CIF (結晶学的情報形式) にオンラインで保存することもできます。 PDBx/mmCIF 。
まだ開けませんか?
上記のツールのいずれでも開かないファイルは、実際には PDB ファイルではない可能性があります。考えられるのは、ファイル拡張子を読み間違えていることです。一部の形式では、実際には無関係で同じように機能しない場合でも、PDB によく似た接尾辞が使用されます。
Gmail の電話番号を持っていません。
たとえば、PDF ファイルはドキュメント ファイルですが、上記のプログラムのほとんどは、これらのソフトウェア プログラムで開こうとすると、テキストや画像を正しく表示しません。同様のスペルのファイル拡張子を持つ他のファイルにも同じことが当てはまります。 DBF 、 DB 、ADP、PD、PDE、PDC、PDO、および WPD ファイル。
PBD は EaseUS Todo Backup プログラムに属するもう 1 つのプログラムであり、そのソフトウェアで開いた場合にのみ役に立ちます。
PDB ファイルがない場合は、ファイルにあるファイル拡張子を調べて、それを開いたり変換したりする適切なプログラムを見つけてください。
PDB ファイルの高度な読み取り
プログラム データベース ファイルについて詳しくは、次のサイトを参照してください。 GitHub そして ウィンテレクト 。
Protein Data Bank ファイルについても学ぶべきことがまだあります。見る 世界的なタンパク質データバンク そして RCSB PDB 。
よくある質問- Visual Studio が PDB ファイルを見つけられない、または開けない場合、どうすれば修正できますか?
Visual Studio が PDB ファイルを見つけられない、または開けないことを示すメッセージが表示された場合は、Visual Studio のデバッグ ツールを使用してみてください。 [ツール] > [オプション] > [デバッグ] > [シンボル] に移動し、[Microsoft シンボル サーバー] を選択します。
- Android で PDB ファイルを開くにはどうすればよいですか?
サードパーティのファイル リーダーを使用します。 Cool Readerアプリをダウンロードする または Google Play のその他の PDB ファイル対応リーダー。
